长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。
微生物肥料
一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。世界多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。
利用微生物的产生物（代谢物）作为农药——农用抗生素，近年来的发展甚为迅速，已成为“白色农药”中的一个重要方面，也是中国微生物源农药的主体之一。而今，已商品化的农用抗生素几乎遍及了农药所有领域。其中作为杀菌剂的有春日霉素、多氧霉素、井冈霉素、农霉素、链霉素等；杀虫剂有阿维菌素、杀螨素等；除草剂有双丙氨膦；植物生长调节剂有赤霉素等。农用抗生素已成为世界农药市场中不可缺少的一部分，它在植物保护中作为化学农药的互补药剂正越来越引起人们的注意。在中国，仅井冈霉素目前的产量已达5000余吨，每年可挽回稻谷23亿千克，成为目前农药中使用面积最广、价格最便宜、对人畜十分安全的理想的无公害的农药。由于农用抗生素在作物保护中所起到的不可磨灭的作用，并由于化学农药尤其是拟除虫菊酯类等传统杀虫剂的抗性等问题，在90年代又掀起了新的农用抗生素的开发高潮，使不少新的农用抗生素不断问世。如在农用杀虫抗生素中，继阿维菌素、灭粉毒素等后，又开发了戒台霉素、梅岭霉素、Okara-mine、Altermicidin及thuringiensin等十余个新的品种，并且其中不少有望商业化。农用除草抗生素商品化原先仅有双丙氨膦一个产品，但近年来又发现了不少具有除草活性的农用抗生素，如Phthoxazolin、Homoalanosin、Hydatocidin、Arabenoic酸、α-亚甲基β-氨基丙酸及Conmexistin等。其中有的具有商品化的价值，估计不久将会有新的除草抗生素问世。杀菌抗生素是农用抗生素中商品化最多的一类，除上述外，最近又开发了磷氮霉素、白肽霉素、金核霉素等。有人还从小麦全蚀病培养物中分离得一株链霉菌，其产生物对防治蔬菜灰霉病有良效。
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